Fiche pratique Les congés pour raison de santé des agents territoriaux en 10 questions

Rédigé le 29/01/2025
SOURCE LA GAZETTE DES COMMUNES Mis à jour le 02/04/2024 • Par Sophie Soykurt


Fonctionnaire ou contractuel, l'agent public territorial peut bénéficier de congés de maladie ordinaire, de congés de longue maladie (ou de grave maladie) ou de congé de longue durée. Sans oublier le congé pour invalidité temporaire imputable au service. Topo.


01 – Quels sont les congés pour raison de santé ouverts aux  agents territoriaux ?

Les fonctionnaires territoriaux peuvent bénéficier de congés de maladie ordinaire, de congés de longue maladie (CLM) ou de congé de longue durée (CLD) (code général de la fonction publique, CGFP, art. L822-1 et s.).

Afin d’aider un proche très gravement malade, ils peuvent notamment obtenir un congé de solidarité familiale (CGFP, art. L633-1 et s.) ou un congé de proche aidant (CGFP, art. L634-1, décret n°2020-1557 ).

Les agents contractuels peuvent également bénéficier de ces mêmes congés, dans les conditions prévues par le décret n°88-145 du 15 février 1988.

Enfin, s’agissant des stagiaires, c’est le décret n°92-1194 du 4 novembre 1992  qui détermine les modalités d’octroi de leurs congés de maladie.


02 – Qu’est-ce que le congé pour invalidité temporaire imputable au service ?

Lorsque l’incapacité temporaire de travail d’un fonctionnaire en activité est consécutive à un accident reconnu imputable au service, à un accident de trajet ou à une maladie contractée en service, il a droit à un congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis) (CGFP, art. L822-21 et s.).

Le fonctionnaire conserve alors l’intégralité de son traitement jusqu’à ce qu’il soit en état de reprendre son service ou jusqu’à la mise à la retraite. Il a droit, en outre, au remboursement des honoraires médicaux et des frais directement engendrés par la maladie ou l’accident. La durée du congé est assimilée à une période de service effectif.

Comme dans le secteur privé, les accidents survenus sur les trajets domicile-­travail ou travail-cantine, ou à l’occasion de l’exécution de son service et de certaines maladies professionnelles contractées dans l’exercice des fonctions, sont présumés imputables au service (CGFP, art. L822-18).

Enfin, l’autorité territoriale peut s’assurer à tout moment que l’état de santé de l’agent justifie son maintien en Citis.


03 – Quelle est la durée de ces congés pour raison de santé ?

La durée maximale des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux est de un an sur une période de douze mois consécutifs (CGFP, art. L822-2).

Les congés de longue maladie sont accordés pour trois ans maximum (CGFP, art. L822-7). La durée maximale des congés de longue durée est de cinq ans. Ces congés de longue maladie ou de longue durée peuvent être utilisés de façon continue ou discontinue et accordés par période de trois à six mois  (décret n°87-602, art. 26).

Concernant les contractuels, la durée maximale des congés de maladie ordinaire varie selon la durée de service dont ils ­justifient (décret n°88-145, art. 7). Après au moins trois ans de services, ils peuvent également bénéficier d’un congé de grave maladie de trois ans au maximum, accordé par période de trois à six mois.

Enfin, un jour de carence s’applique en principe aux agents en congé de maladie (ordinaire). Des exceptions sont prévues, notamment pour les femmes enceintes.


04 – Quelles sont les maladies ouvrant droit à ces congés ?

De manière générale, le fonctionnaire territorial en activité a droit à des congés de maladie (ordinaire) lorsque sa maladie, dûment constatée, le met dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions (CGFP, art. L822-1).

Pour bénéficier d’un congé de longue maladie (CLM), l’intéressé doit être dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions en raison d’une maladie qui rend nécessaires un traitement et des soins prolongés, et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée (CGFP, art. L822-6).

Un arrêté du ministre de la Santé dresse une liste indicative des maladies ouvrant droit à ce congé : insuffisance respiratoire chronique grave, hypertension artérielle, maladies cardiaques et vasculaires, affections ­oculaires évolutives, rhumatismes chroniques invalidants, maladies invalidantes de l’appareil digestif… (arrêté du 30 juillet 1987, qui renvoie à l’arrêté du 14 mars 1986).

Le congé de longue durée (CLD) est ouvert en cas de tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite ou ­déficit immunitaire grave et acquis (CGFP, art. L822-12).


05 – Quelles sont les modalités à suivre pour obtenir ces congés pour raison de santé ?

Pour bénéficier d’un congé de maladie ordinaire (ou son renouvellement), l’agent doit envoyer un certificat médical à son autorité territoriale dans un délai de quarante-huit heures au maximum (décret n°87-602, art. 15).

Les CLM et CLD ne sont accordés qu’après avis du conseil médical. L’intéressé doit adresser à l’autorité territoriale sa demande de congé accompagnée d’un certificat de son médecin traitant (décret n°87-602, art. 24 et s.).


06 – Comment les agents en congés pour raison de santé sont-ils rémunérés ?

Lorsqu’il est en congé de maladie ordinaire, le fonctionnaire conserve l’intégralité de son traitement durant trois mois, puis la moitié pendant les neuf mois suivants. Il conserve également ses droits à la totalité du supplément familial de traitement (SFT) et de l’indemnité de résidence (IR) (CGFP, art. L822-3).

La rémunération des agents contractuels dépend, dans cette hypothèse, de leur durée de service (décret n°88-145, art. 7).

Durant un congé de longue maladie, les fonctionnaires conservent l’intégralité de leur traitement pendant un an, puis la moitié pendant les deux années suivantes (CGFP, art. L822-8). Il en va de même pour les agents contractuels comptant au moins trois ans de services (décret n°88-145, art. 8).

Le fonctionnaire placé en congé de longue durée conserve l’intégralité de son traitement pendant trois ans, puis la moitié pendant deux ans. Il conserve également la totalité du SFT et de l’IR (CGFP, art. L822-15).

En outre, en cas de maladie professionnelle, d’accident de service ou si le fonctionnaire est placé en Citis, il conserve l’intégralité de son traitement jusqu’à ce qu’il soit en état de reprendre son service ou jusqu’à la mise à la retraite. Les agents contractuels bénéficient d’une protection similaire, mais dans des limites variables selon leur durée de service (décret n°88-145, art. 9).


07 – Des contrôles sont-ils effectués ?

De manière générale, les agents « fraudeurs » encourent la suspension de leur traitement et une sanction disciplinaire ; ils peuvent aussi être radiés pour ­abandon de poste. L’autorité territoriale peut en effet, à tout moment, faire procéder à la contre-visite d’un fonctionnaire placé en congé de maladie ordinaire, par un médecin agréé (décret n°87-602, art. 15).


08 – Quelle est la situation du fonctionnaire placé en congés pour raison de santé ?

Il est considéré comme en position d’activité. Outre sa rémunération (lire la question n°6), il conserve ses droits à avancement et à la retraite.

Par ailleurs, le bénéficiaire d’un CLM ou d’un CLD doit cesser tout travail rémunéré, en dehors des activités ordonnées et contrôlées médicalement au titre de la réadaptation à l’emploi. Il en va de même du bénéficiaire d’un Citis.


09 – Que se passe-t-il à l’échéance des congés pour raison de santé ?

Depuis 2022, lorsque le fonctionnaire a épuisé ses droits à congés de maladie ordinaire (un an), il ne peut reprendre son service sans l’avis favorable du conseil médical réuni en formation restreinte. En cas d’avis défavorable, s’il ne bénéficie pas de la période de préparation au reclassement, il est soit mis en disponibilité, soit reclassé dans un autre emploi, soit, s’il est reconnu définitivement inapte à l’exercice de tout emploi, admis à la retraite après avis du conseil médical réuni en formation plénière. En revanche, s’il refuse sans motif valable lié à son état de santé le poste qui lui est assigné, il peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire (décret n°87-602, art. 17).

A l’expiration d’un CLM ou d’un CLD, l’agent reprend ses fonctions s’il est reconnu apte en fournissant un certificat médical d’aptitude à la reprise. S’il a bénéficié d’un CLM ou d’un CLD pendant leur durée maximale (respectivement, trois ou cinq ans), sa reprise est soumise à l’avis favorable du conseil médical (décret n°87-602, art. 32). En cas d’inaptitude définitive, l’agent est reclassé, mis en disponibilité ou admis à la retraite après avis du conseil médical ­compétent (décret n°87-607, art. 37).

Au terme du Citis, le fonctionnaire apte à reprendre ses fonctions est réintégré dans son emploi ou, à défaut, réaffecté dans un emploi correspondant à son grade (décret n°87-602, art. 37-11). Lorsqu’il est guéri ou que les lésions résultant de l’accident de service, de l’accident de trajet ou de la maladie professionnelle sont stabilisées, le fonctionnaire transmet à l’autorité territoriale un certificat médical final de guérison ou de consolidation (décret n°87-607, art. 37-17).

Enfin, l’agent contractuel, définitivement inapte à reprendre son service à l’issue d’un congé de maladie ordinaire ou de congé grave de maladie, d’accident du travail ou de maladie professionnelle est reclassé ou, à défaut, licencié dans les conditions prévues par le décret n°88-145 du 15 février 1988 (art. 13).


10 – Comment bénéficier d’un temps partiel thérapeutique ?

Le fonctionnaire en activité peut être autorisé à accomplir un service à temps partiel pour raison thérapeutique, lorsque l’exercice des fonctions à temps partiel permet :

  • soit le maintien ou le retour à l’emploi de l’intéressé et que cet exercice est reconnu comme étant de nature à favoriser ­l’amélioration de son état de santé ;
  • soit à l’intéressé de bénéficier d’une ­rééducation ou d’une réadaptation professionnelle pour retrouver un emploi compatible avec son état de santé (CGFP, art. L823-1).

Ce temps partiel thérapeutique ne peut, en aucun cas, être inférieur au mi-temps (CGFP, art. L823-3). L’agent perçoit alors l’intégralité de son traitement, du supplément familial de traitement et de l’indemnité de résidence. Il est accordé par période de un à trois mois, renouvelable dans la limite d’une année (décret n°87-602, art. 13-2). Après une année, l’agent peut à nouveau demander un temps partiel thérapeutique. Les agents contractuels ont également vocation à bénéficier de ce dispositif (décret n°88-145, art. 9-1).